La chiesa di San Francesco venne edificata al posto della preesistente struttura di epoca gotica. Il progetto della nuova opera fu commissionato al Sassarese Frà Antonio Cano (allievo del Canova) che si era già occupato dell'edificazione di importanti opere fra le quali:  il mausoleo di Carlo Emanuele di Savoia nel Duomo di Cagliari, due cappelle del Duomo e la chiesa di San Vincenzo ad Oristano, la Cattedrale di Nuoro e la chiesa parrocchiale a Sorso.
La vecchia chiesa fu quasi totalmente abbattuta nel 1835 ed i lavori della nuova iniziarono un anno dopo. Trascorso qualche anno dalla posa della prima pietra, nella fase più critica dell'esecuzione si verificò, il crollo della struttura.
Ritenuto responsabile del tragico evento, Frà Antonio Cano, fu licenziato. L'affidamento dei lavori quindi passò nelle mani di un altro progettista molto quotato: Gaetano Cima, il quale, ha lasciato una delle realizzazioni più rigorose del classicismo purista sardo.
La chiesa custodisce al suo interno opere d'arte di alta qualità fra le quali: il Cristo di Nicodemo scultura in legno e stucco che esprime in modo straordinariamente realistico la sofferenza del Cristo in Croce.